在飲料，果汁等過程中，臭氧水可用于管路、設備及盛裝容器的浸泡和沖洗，從而達到消毒滅菌的目的。采用這種浸泡、沖洗的操作方法，一是管路、設備及盛裝容器表面上的細菌、病毒大量被沖淋掉；二是殘留在表面上的未被沖走的細菌、病毒被臭氧殺死，非常簡單省事，而且在中不會產生死角，還 避免了中使用化學消毒劑帶來的化學毒害物質排放及殘留等問題。另外，利用臭氧水對設備的消毒滅菌技術結合膜分離工藝、無菌灌裝系統等，在釀造工業中用于醬油、醋及酒類的，可提高產品的質量和檔次。

在食品廠，臭氧氣體用于食品加工間、貯藏室與加工設備消毒是非常方便、有效的。傳統的消毒方法是用甲醛等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛熏蒸的弊病較多，國外近期研究證明，在控制空氣微生物方面，臭氧是甲醛和其他化學熏劑的替代物。通過化學霧化、紫外線與臭氧作消毒劑的對照試驗，結論是臭氧既有效又無殘留，臭氧“大大抑制”了加工設備大腸桿菌群小球菌和酵母菌的生長。

    其方法是：（1）將臭氧發生器直接放在空調凈化系統的風道中稱為內置臭氧發生器。臭氧隨著風道的氣流，送入各潔凈區，對潔凈區進行消毒滅菌，剩余臭氧吸入回風口，由中央空調帶走。（2）可以將臭氧發生器放在中央空調風口的外面，將臭氧打入中央空調的風道中，然后被送入各潔凈區，或采用臺式自帶風機臭氧發生器，多點設計將臭氧散布在潔凈區內，統稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但制造成本要高一點。（3）采用臭氧發生器連接導氣管和曝氣系統，在車間頂部布設曝氣管網，將臭氧送入潔凈區。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食品廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格， 替代了令人頭痛的甲醛熏蒸大消毒。同時，使非常作業減少，能耗減少，取得了滿意的效果。